托马斯在黑暗中醒来，除了自己的名字，记忆尽失。他发现自己来到一片林间空地，四周一座巨石迷宫晨开暮合，不断变幻。一群自称空地人的男孩俨然组成一个小社会，他试图融入，却屡屡受阻，同时，奇怪梦境不断袭来，巨大的迷宫仿佛磁石吸引着他。一个...

托马斯他们逃出了迷宫，但灾难并未结束。一个叫灾难总部的机构设计了迷宫实验，托马斯他们是A组实验对象。一夜醒来，所有人的颈后都出现了神秘文身，特蕾莎不见了，代之以一个来自B组的男孩。众人被告知染上了闪焰症病...

灾难总部宣布恢复所有实验者的全部记忆，摘除大脑中的控制器。然而，实验并未结束。托马斯不断做梦，记忆的漏洞慢慢填补。他希望找回家人和进入迷宫之前的美好生活，但又怎能相信脑中植入的记忆？托马斯拒绝恢复记...

远在灾难总部建立林间空地建成托马斯进入迷宫之前，地球就遭到了太阳耀斑的袭击，疾病肆虐，吞噬着人类。生活在纽约的少年马克目睹成千上万的生命被太阳耀斑夺去，紧接着又遭遇了洪水食物短缺和令人窒息的滚滚热...

世界末日降临，地球被烤焦了，闪焰病毒肆虐人间。在一片混乱之中，包括托马斯和特蕾莎在内的一一些对病毒具有免疫力的孩子，在一无所知的情况下，被带到阿拉斯加一个名为灾难总部的秘密机构。托马斯和特蕾莎在与世隔绝...